از موانع هوشمندسازی حمل و نقل و چالش‌های توسعه آن می‌توان به موارد زیر اشاره کرد.
کمبود بودجه، از مهم‌ترین موانع هوشمندسازی حمل و نقل
مهم‌ترین مشکل در راه‌اندازی سیستم‌های آی‌تی‌اس هزینه‌های سنگین آن است. معمولا دولت‌ها با در اختیار نداشتن بودجه لازم برای این منظور و اولویت‌‌بندی پروژه‌های شهری دست به گریبان‌اند. بودجه موجود برای راه‌اندازی سیستم‌های حمل و نقل هوشمند باید با دقت تعیین و در تصمیم‌گیری‌ها برای راه‌اندازی سیستم‌ها در نظر گرفته شود. سرمایه‌گذاری اولیه روی این سیستم‌ها و تداوم تامین هزینه‌ها در پیاده‌سازی موفق سامانه‌های حمل و نقل هوشمند اهمیت فراوانی دارد. از سوی دیگر برخوردار نبودن معابر از زیرساخت‌های مناسب یا موجود نبودن زیرساخت ارتباط راه دور لازم برای پیاده‌سازی آی‌تی‌اس، بویژه در کشورهای در حال توسعه مشکل مهمی به شمار می‌رود. پردازش و تحلیل داده‌های خام برای بدست آوردن نتایج سودمند نیز ظرفیت‌های موجود در نهادها را به چالش می‌کشد.
عدم همکاری و هماهنگی نهادها و یکپارچه‌سازی سیستم‌ها
در پیاده‌سازی سیستم‌های حمل و نقل هوشمند بعلت وجود دست‌اندرکاران مختلف از چند سازمان و نهاد، ساختاری منظم لازم است که نقش‌ها و مسئولیت‌های هر گروه را به روشنی تعریف و تبیین کند. همه دست‌اندرکاران باید از رویه‌های عملیاتی استاندارد استفاده کنند. برای نمونه استفاده از تجهیزات مختلف برای کار یکسان در بخش‌های مختلف شهر ممکن است به مشکل سازگار نبودن سیستم‌ها منجر شود و ممکن است برای نمونه همه داده‌ها از فرمت یکسان یا سازگاری برخوردار نباشند. بنابراین لازم است با تدوین سندی، مجموعه منسجمی از روش‌ها و پروتکل‌های ارتباطی استاندارد برای سیستم‌های حمل و نقل هوشمند مشخص شود تا در همه آنها بکار رود. نبود الزام قانونی در زمینه به اشتراک‌گذاری داده‌ها بین نهادها نیز ممکن است به مشکلاتی در یکپارچه‌سازی سیستم‌ها منجر شود. هماهنگی میان سازمان‌ها برای استفاده کارآمد از قابلیت‌های سیستم‌های حمل و نقل هوشمند لازم است و مثلا نهادهای مدیریت ترافیک و سوانح باید با رویه‌های کاری یکدیگر آشنا و از هماهنگی لازم برخوردار باشند.
همچنین در بسیاری موارد از آنجا که عملیات بخش‌های مختلف شبکه حمل و نقل شهری به هم وابسته است، تغییر و ارتقای یک بخش (مثل دوربین‌های پلاک‌خوان) بدون تغییر و ارتقای بخش‌های دیگر (مثل ساختار سازمانی صدور جریمه‌ها) ممکن است به عملکرد نامناسب سیستم بینجامد. مثلا ممکن است برخی متخلفان پیام اطلاع‌رسانی درباره جریمه‌های خود دریافت نکنند و بنابراین اعتماد عمومی نسبت به عملکرد دقیق سیستم کاهش یابد.
استفاده از سیستم‌های غیربومی
همکاری با کشورهای دیگر و استفاده از تجربیات آنها در هوشمندسازی حمل و نقل سودمند و گاه لازم است، اما در عین حال در زمان برنامه‌ریزی برای پیاده‌سازی سیستم‌های آی‌تی‌اس مسئولان باید توجه داشته باشند که تجربیات گذشته کشورهای دیگر ممکن است عینا برای کشورشان صادق نباشد. لزوما سیستمی که در یک کشور کارامد بوده است در کشور دیگری هم همان‌گونه و در همان محدوده دقت عمل نخواهد کرد. عوامل متعددی در عملکرد چنین سیستمی نقش دارند و در نهایت ممکن است مشخص شود که سیستم مورد نظر برای آن کشور مناسب نیست. مثلا شرایط آب و هوایی یک منطقه یا شرایط غیرعادی حمل و نقل و ترافیک در یک کشور ممکن است سبب شود دقت‌های مورد نظر در آن کشور به دست نیاید. تمام سیستم‌ها و محصولات باید در شرایط محیطی کشور و ترافیک آن بطور گسترده آزمایش شوند تا از اینکه عملکردی با دقت مطلوب خواهند داشت مطمئن شویم. مسئله مرتبط دیگر آن است که تجهیزات و سیستم‌هایی که برای استفاده در کشور دیگری با شرایط متفاوت ساخته شده‌اند ممکن است برای بهره‌برداری در کشور مورد نظر احتیاج به تنظیم یا تغییراتی داشته باشند تا بتوانند کارآمد باشند.
مشکلات فرهنگی
یکی از موانع مهم هوشمندسازی حمل و نقل، مشکلات فرهنگی است. متولیان حمل و نقل ممکن است با موانع فرهنگی مواجه شوند که میزان تاثیرگذاری کارهایی مانند به اشتراک‌گذاری اطلاعات و تصاویر دوربین‌های مداربسته یا هماهنگی در پاسخگویی به سوانح را محدود می‌کنند.
انتظارات غیرواقعی، از موانع هوشمندسازی حمل و نقل
کاربردهای سیستم‌های حمل و نقل هوشمند باید اول بخوبی شناخته شوند تا انتظارات غیرواقعی از آنها بوجود نیاید و تصور نشود که پیاده‌سازی این سیستم‌ها برای حل همه مشکلات حمل و نقل کفایت می‌کند.
بی‌توجهی به تحقیق و بررسی
در هر کشور باید تحقیقاتی نظام‌مند درباره مزایای پیاده‌سازی حمل و نقل هوشمند در آن کشور انجام شود. علاوه‌براین لازم است در هر کشور نحوه عملکرد درست سازمان‌ها برای پیاده‌سازی موفق آی‌تی‌اس مشخص شود و تمام نهادهایی که از سیستم‌های حمل و نقل هوشمند استفاده می‌کنند از آنها مطلع شوند.
برخی دیگر از چالش‌های پیاده‌سازی سیستم‌های حمل و نقل هوشمند در فهرست زیر خلاصه شده‌اند:
• وابستگی به عرضه‌کننده آی‌تی‌اس
• دشواری انتخاب کارآمدترین راهکار با توجه به وجود انواع سیستم‌های حمل و نقل هوشمند
• دشواری استخدام و به کارگیری متخصصان با دانش گسترده و میان‌رشته‌ای
• دشواری مدیریت آی‌تی‌اس
• امنیت داده‌های جمع‌آوری شده
• قدیمی شدن فناوری
• محدودیت در دسترس بودن راهکارهای حمل و نقل هوشمند و بسیار نوین
• نیازهای روزافزون و انتظارات بالای کاربران حمل و نقل
• مقاومت شهروندان در برابر تغییر
• بی‌اعتمادی در همکاری به ویژه میان بخش خصوصی و دولتی
